战术指挥更是“一塌糊涂”：
侦察机“掉链子”，成了“睁眼瞎”： 打仗亲兄弟，上阵父子兵，这侦察机就是航母的“眼睛”！可南云舰队呢？派出去的侦察机数量不够，搜索的范围也不合理。最要命的是，那架负责搜索美军航母最有可能出现的东北方向的“利根”号巡洋舰上的4号侦察机，因为弹射器坏了，晚了半个钟头才起飞！就这半个钟头，黄花菜都凉了！等它好不容易发现美军航母了，情报传递和判断又磨磨蹭蹭，这对于海战这种瞬息万变的情况中，错过了最佳的预警时间。
南云忠一“选择困难症”发作，指挥犹豫不决： 这位指挥偷袭珍珠港的“名将”，在中途岛的表现，简直让人大跌眼镜。在接到发现美军航母的情报后，他一会儿想先打中途岛，一会儿又想先打美国航母；一会儿下令给飞机换陆用炸弹，一会儿又下令换反舰鱼雷……在最关键的时刻，犹豫不决，举棋不定，白白浪费了宝贵的先机。他的指挥，也太死板了，完全跟不上战场形势的快速变化。
通讯基本靠“吼”，协同作战“不存在”： 日本海军各舰队之间，以及舰队和侦察机之间的通讯联络，也存在很多问题，情报传递不及时、不准确，难以形成有效的协同作战。
技术装备上，也不是“天下无敌”：
雷达是个“短板”，早期预警基本靠“瞅”： 跟已经开始在军舰上装备早期雷达的美军相比，日本海军在舰载雷达技术方面，那可是差了一大截。他们主要还是靠飞行员的肉眼和水上侦察机来进行空中预警，这在复杂的海空战场上，效率低，反应慢，很容易被对手打个措手不及。
损管能力“捉襟见肘”，一着火就“歇菜”： 日本的航空母舰，在设计上可能更强调攻击力，但在舰体结构的抗损性、消防设施的完善性、以及舰员的损害管制训练方面，跟经验丰富、而且特别重视“挨打”能力的美军相比，确实存在不小的差距。您看“赤城”、“加贺”、“苍龙”这三艘航母，在中了美军几颗炸弹之后，很快就火光冲天，浓烟滚滚，根本控制不住火势，最终只能沉没。而美军的“约克城”号呢？在珊瑚海和中途岛两次被重创，第一次愣是给修好了，第二次虽然最终也沉了，但也坚持了相当长的时间。这损管能力的差距，也是决定海战结局的一个重要因素。