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不仅仅是厂卫系统。就连他一手扶植起来的、用以取代东林党的所谓“帝党”文官集团，其内部的潜在隐患，也开始逐渐浮现。
虽然东林党在朝堂之上，表面上已被彻底铲除，但文官阶层之中，那种根深蒂固的、以地域、同年、师生关系为纽带的派系之分，却并未因此而消失！
如今的“帝党”，实际上，不过是一个由多个不同背景、不同诉求的小派系，因为共同的“利益”（即拥护皇帝、对抗东林）而临时组成的联盟罢了！其内部，同样存在着各种看不见的博弈与倾轧！
比如，新任内阁首辅蒋德璟，便是闽党在朝中的代表人物。他上任之后，便不动声色地，提拔了不少福建籍的官员。
又比如，内阁大学士冯铨、吏部尚书王绍微、乃至远在南京的马士英、以及被他寄予厚望的史可法等人，也都有着各自的“山头”和“圈子”，在人事任免和政策推行上，也难免会有“扶持亲旧”的现象。
对于这些“小动作”，崇祯皇帝大多是“睁一只眼，闭一只眼”。他知道，水至清则无鱼。在如今这个节骨眼上，只要他们能忠于自己，能坚决地贯彻自己的改革意志，些许的“私心”，尚在可容忍的范围之内。但他也意识到，长此以往，这些新的派系，若任其发展，将来……未必就不会成为新的“东林党”！
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而眼下最为棘手的，还是厂卫在京师的权力，已过于集中！
如今京师的街头巷尾，那些身着黑色劲装、眼神冰冷的东厂番役，其密度之高，甚至已经超过了顺天府的官差和五城兵马司的巡逻兵丁！
东厂、西厂、内行厂、锦衣卫，四大特务机构，皆云集于京师，其职能多有重叠，不仅造成了资源的浪费，更在无形之中，削弱了六部、都察院等传统国家机器的正常功能！原本只是作为皇帝“耳目”和“爪牙”的监察机制，正在逐步演变为一种常驻的、凌驾于百官之上的新型权力结构！