对于那个象征着士林精神领袖地位的曲阜孔府，崇祯也并未忘记。他以“查验祭田账目、整顿地方吏治”为名，直接下令新任山东总兵牟文绶，派兵将整个孔府严密“保护”起来！名为保护，实为监控！并勒令衍圣公闭门思过，不得干预地方事务！这无异于是向天下所有士人宣告：即便是圣人之后，若敢与朝廷作对，也绝无情面可讲！
同时，对于那些被捕入狱的官员和士子，崇祯更是下令厂卫，采取“瓜蔓抄”的方式，深挖其背后的关系网，务求将所有同党、门生、故吏一网打尽！他要用这种方式，彻底摧毁东林党及其附庸势力在朝野上下盘根错节的网络，为自己信任的人，腾出位置。
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而空出来的位置，由谁来填补？
崇祯的目光，落在了太子朱慈烺的身上。这个孩子，是历史上的崇祯皇帝的长子，也是名义上的储君。然而，在他的记忆中，这位太子自小便接受的是最为正统的儒家教育，身边的老师、侍从，大多都与东林党有着千丝万缕的联系。如今，自己与东林党已是水火不容，这个被“敌人”培养起来的太子，将来……真的能够继承自己的“事业”吗？他能理解并支持自己这些“离经叛道”的改革吗？崇祯心中充满了疑虑和淡漠。
恰在此时，皇后周氏有孕的消息，如同上天赐予的甘霖，让他看到了另一种可能！“若……若冉儿能为朕诞下一位皇子……” 他心中那个大胆的念头再次浮现，“一个由朕亲自教导、能够完全理解并继承朕之意志的皇子！或许……这才是大明未来的希望所在？” 废长立幼？另立储君？这个在历史上曾引发巨大风波的念头，此刻，竟真切地出现在了他的脑海之中！
这种对现有储君的不信任，以及对未来新继承人的期盼，也直接影响了他当前的用人策略。
他公开在朝堂上表示：“朕今后用人，唯才是举，唯忠是取！不再拘泥于什么‘清流’、‘浊流’之分！那些满口仁义道德、实则空谈误国之辈，朕敬而远之！反倒是那些能办事、敢办事的‘干吏’，哪怕出身不高，哪怕曾有过错，只要真心归附于朕，忠心为国，朕皆可破格重用！”