魏明帝曾问王肃：“汉桓帝时，白马令李云上书说‘帝者，谛也。是帝欲不谛’（‘帝’意为‘谛’，即认真审察，陛下却不想认真治国），为何当时不处死他？”
王肃回答：“李云只是言语有失君臣尊卑的礼节，但推究他的本意，是想尽心报国。况且帝王的威严超过雷霆，杀一个平民如同踩死蝼蚁。宽恕他可以显示包容恳切谏言的气量，向天下推广仁德。因此臣认为处死他未必正确。”
明帝又问：“司马迁因受宫刑心怀怨愤，在《史记》中贬低汉武帝，让人切齿痛恨。”
王肃答道：“司马迁记事不虚美、不隐恶，刘向、扬雄都佩服他擅长叙事，有良史之才，称《史记》为‘实录’。汉武帝听说他写《史记》，取走记载汉景帝和自己的本纪阅览，看完大怒，削毁后扔弃。如今这两篇本纪只有目录而无内容。后来司马迁因李陵事件被处以宫刑。可见心怀怨愤的是汉武帝，而非司马迁。”
正始元年，王肃外任广平太守，后因公务被召回，担任议郎。不久升任侍中，又调任太常（掌管礼乐祭祀的最高官员）。当时大将军曹爽专权，重用何晏、邓飏等人。王肃与太尉蒋济、司农桓范谈论时政时，严肃地说：“这些人就是汉代弘恭、石显（西汉着名宦官，专权擅政）一类的奸佞，还能让他们胡作非为吗！”
曹爽听闻后，告诫何晏等人：“你们要小心了！公卿们已经把你们比作前代的恶人了。” 后来王肃因宗庙事务被免职，不久又担任光禄勋（掌管宫廷宿卫的官员）。
当时有两条一尺长的鱼，聚集在武库的屋顶上，有关部门认为是吉祥之兆。王肃却指出：“鱼生长在深渊却出现在屋顶，说明水族生物失去了生存之所，恐怕边将要有弃甲逃亡的兵变了！” 后来果然发生东关之战的惨败（曹魏在东关被东吴击败）。
王肃随后调任河南尹（京都地区行政长官）。嘉平六年，他持节兼任太常，奉命用皇家车驾前往元城迎接高贵乡公曹髦即位。同年，天空出现白色云气横贯天际，大将军司马师（司马景王）询问原因，王肃回答：“这是蚩尤之旗，预示东南方向将有叛乱。您若修养德行安抚百姓，天下向往安定的人会归附仁德，发动叛乱者将先遭灭亡。”