门下循行（低级属官）曾怀疑门干（守门小吏）偷了发簪，门干否认，循行便将他关押审讯。司马芝批示：“物品有相似难辨者，除非离娄（传说中视力极强的人），常人难以不惑。即便真有其事，循行怎能为了一支发簪，就轻易伤害同僚？此事不要再追究。”
魏明帝即位后，赐司马芝关内侯爵位。不久，特进曹洪的乳母当氏，与临汾公主的侍者一同祭祀无涧山神灵（臣松之注：无涧为洛阳东北山名，属民间淫祀），被逮捕入狱。卞太后（曹操正妻，曹丕生母）派黄门宦官到府中传令赦免，司马芝拒不接见，直接下令洛阳县将人犯处死，并上疏明帝：“凡应处死的罪犯，都应先上表等候批准。此前陛下已下诏禁绝淫祀以正风俗，如今当氏等人触犯妖刑，供词刚审定，黄门吴达便来传太皇太后之令。臣不敢接旨，唯恐有人救护，故加急处置。若因事未早结获罪，也是臣的责任。因此冒昧违反常规，下令将人犯处死，甘愿接受处罚。”
明帝亲笔回复：“看了奏表，明白你的忠心。你想遵奉诏书，因事权宜处置，这是正确的。这是你奉行诏命的本意，何必谢罪？今后黄门再去，切勿接见。”
司马芝在任十一年，多次上奏修订不合时宜的法规。他在公卿中始终正直处世。后来因诸王入朝时与京都人士交往牵连，被免职。
司马芝后来担任大司农。此前，各典农部的官吏和百姓中，有不少人从事商业经营来牟利。司马芝上奏说：“圣王治理天下，崇尚根本（农业）而抑制末业（商业），重视农耕与粮食生产。《王制》中说：‘国家若没有三年的粮食储备，就称不上稳固的国家。’管仲也强调积储粮食的紧迫性。如今吴、蜀二敌未灭，战争不断，国家的根本大计在于粮食和布帛。魏武帝（曹操）特意设立屯田官员，专门以农桑为业，因此建安年间天下仓廪充实，百姓生活富足。但自黄初年间以来，允许各典农官自行经营商业，只为局部利益考虑，这实在不符合国家整体利益。