龙番市的庆典余韵未散，街道上仍挂着彩带与气球，欢声笑语中，秦明却在法医中心的办公室里陷入沉思。他反复摩挲着父亲留下的信件，信末那句“黑暗从未真正消散，唯有保持警惕”如警钟长鸣。窗外暮色渐浓，城市的霓虹灯光与天边最后一抹晚霞交织，看似祥和的表象下，却暗藏着令人不安的暗流。
深夜，一通紧急电话打破了宁静。郊区的化工厂发生离奇命案，受害者死状诡异——心脏被完整取出，胸腔内却没有任何血迹，周围散落着几瓣干枯的蝴蝶兰。秦明立刻带队赶往现场，勘查灯亮起的瞬间，他注意到死者瞳孔中隐约闪烁着蓝光，与此前被芯片控制的症状如出一辙。
“秦科长，现场发现这个。”林涛举起证物袋，里面是一枚刻着蝶形纹路的金属徽章，与024号身上的装饰如出一辙。“技术科追踪到死者生前最后通话记录，号码属于一个加密卫星电话，根本无法定位。”
解剖室的无影灯亮起，大宝神情凝重地操作着器械。“死者心脏缺失位置残留着特殊的基因片段，和之前纳米级蝴蝶兰衍生物成分相似，但...”他放大显微镜画面，“这些片段似乎在自主重组，就像有生命一样。”
与此同时，陈诗羽在警局调取监控，发现案发前有辆黑色商务车在化工厂附近徘徊。车牌虽然被遮挡，但她通过车身细节对比，竟发现与当年医科大学实验室运输车的特征高度吻合。更令人心惊的是，车内隐约可见一个戴着兜帽的身影，手中把玩着一个银质物件——形似秦明的怀表。
龙番市图书馆，秦明独自来到存放旧报纸的档案室。他在泛黄的报纸堆中翻找，终于找到1995年那场爆炸案的相关报道。一张模糊的照片里，父亲站在实验室门口，身旁站着几个面容陌生的研究员，其中一人胸前的工作牌上写着“X组织特别顾问”。