在“曙光号”秘密武器的助力下，联盟舰队成功扭转战局，展开了摧枯拉朽的反攻。神秘组织的防线被撕开一道道大口子，战舰残骸在宇宙中四散漂浮，宛如末世残骸。
但神秘组织毕竟底蕴深厚，见势不妙，迅速收缩兵力，围绕巨型母舰重新构建防御体系。母舰释放出更强大的干扰波，不仅影响联盟舰队的通讯，还使得能量护盾频率干扰器的效果大打折扣。联盟舰队的攻势受阻，不得不暂时退回重整阵型。
指挥官们在混乱的通讯频道中声嘶力竭地呼喊，协调各战舰行动。“所有舰艇保持间距，开启备用通讯线路，集中火力攻击母舰的干扰源发射装置！”旗舰上的指挥官紧握着指挥杆，目光如炬。
战士们迅速执行命令，一艘艘战舰调整炮口，朝着巨型母舰上闪烁着诡异蓝光的干扰源开火。然而，敌人的防御火力太过密集，联盟舰队的攻击一次次被抵挡回来，自身却不断遭受炮火侵袭，又有几艘战舰护盾破碎，失去动力漂浮在战场上。
此时，联盟的情报特工们发挥了关键作用。他们在战前就秘密潜入幽影星，蛰伏许久，此刻趁乱而动。特工队长雷克率领小队，突破重重险阻，成功潜入神秘组织位于幽影星地表的指挥中心。他们避开巡逻的机械卫兵，悄无声息地在关键系统中植入病毒。
随着病毒的生效，巨型母舰的干扰波出现了间歇性失灵，联盟舰队抓住这稍纵即逝的战机。科研团队紧急优化能量护盾频率干扰器的参数，使其适应干扰波的变化，再次发挥强大功效。同时，舰队中的突击巡洋舰利用速度优势，迅速突进到敌人核心区域，释放出新型的电磁脉冲导弹。