星际联盟在短暂的欢庆后，迅速回归忙碌。“混沌之心”被安置在联盟总部最隐秘且防护严密的科研区域，周围时刻有精英卫队巡逻，先进的监测设备全方位无死角地紧盯其能量波动，确保万无一失。科学家们组成多个攻坚小组，日夜轮替，围绕它展开深度研究，期望早日驯服这股狂暴力量，使之成为联盟坚不可摧的护盾。
然而，平静的表象之下，暗流涌动。黑暗势力虽在上次争夺“混沌之心”的交锋中败北，但其残余势力经过短暂蛰伏，竟似获得了某种神秘助力，再度活跃起来，且行动愈发诡秘难测。情报部门陆续收到一些令人不安的零散线索：偏远星系的资源采集点莫名遭到袭击，珍贵矿物被洗劫一空；部分中立星球的通讯忽然中断，疑似被强行干扰；还有一些神秘飞行器频繁在联盟势力边缘闪现，稍纵即逝，难以追踪。
风翼星与幻灵星的情报精英们倍感压力，他们加大了侦察力度，深入那些混沌不明的区域。一次，一支侦察小队在追踪神秘飞行器时，意外闯入一片星际尘埃云。这里电磁紊乱，信号受阻，正当他们试图小心翼翼穿出时，周围空间泛起诡异涟漪，数艘漆黑暗影般的敌舰骤然现身，炮火瞬间齐发。侦察小队队长迅速反应，启动隐形装置，同时向总部发出紧急求救信号。队员们各自施展本领，风翼星战士利用对气流的精妙掌控，扰乱敌舰射击准星；幻灵星的心灵感应者全力干扰敌方指挥官思维，制造混乱。可敌舰火力凶猛，侦察小队渐渐陷入绝境。
千钧一发之际，联盟的“快速反应舰队”如神兵天降。利奥驾驶旗舰一马当先，风刃切割器旋转至最大功率，撕裂敌舰外层防护。舰队呈战术队形散开，以精准火力压制敌方。在联合反击下，黑暗势力敌舰纷纷受损逃窜，侦察小队得以脱险。但这次遭遇让联盟深知，黑暗势力的反扑已拉开序幕，且手段越发阴狠。
与此同时，联盟内部也出现了不和谐的音符。长时间高强度的备战与战斗，使得部分星球物资供应紧张，引发一些民众的不满情绪。在某商业星球上，抗议人群聚集街头，要求政府优先保障民生物资。当地政府焦头烂额，一面安抚民众，一面紧急向联盟求援。联盟高层紧急召开会议，商讨应对之策。艾琳提出，必须在强化军事防御的同时，合理调配资源，启动应急民生保障计划，确保各星球凝聚力不散。
军事指挥官们也没闲着，依据最新情报优化“堡垒星系”防御布局。他们引入动态防御理念，让“堡垒星系”间的防御力量可根据敌情灵活调配，宛如一张智能的星际蛛网，能随时困住来犯之敌。还在一些关键航道增设秘密武器试验场，新型能量武器、量子干扰装置等纷纷进入试验阶段，力求在未来战斗中抢占先机。