老虎走了，喜羊羊与灰太狼送她喜羊羊和灰太狼站在草原边际，一直望着老虎远去的方向。灰太狼挠挠头说：“真没想到我们还能和老虎和平相处，并且送她离开呢。”喜羊羊笑了笑说：“是啊，只要大家愿意互相理解，就可以成为朋友。”
就在这时，地面突然震动起来。他俩惊恐地四处张望，只见一大群机械狼朝着这边跑来，为首的竟然是蕉太狼改造后的模样，原来他被邪恶博士控制了心智。灰太狼着急地喊道：“糟了，这肯定是那个坏蛋搞的鬼。”
喜羊羊冷静地说：“别怕，灰太狼，我们一起一定能阻止他们。”于是，喜羊羊用他的智慧找到周围可用的道具设置陷阱，灰太狼则利用自己发明的一些小玩意干扰机械狼。经过一番努力，终于解除了蕉太狼的控制，击退了机械狼群，草原又恢复了平静，而喜羊羊和灰太狼也成了更加要好的朋友。
可是没过几天，平静再次被打破。一只神秘的小羊出现在羊村外，他自称来自未来时空。这只小羊告诉喜羊羊和灰太狼，邪恶博士虽然这次失败了，但他正在研发一种能够扭曲整个青青草原空间的强大武器，如果成功，所有动物都会失去家园。喜羊羊和灰太狼决定主动出击，他们跟着神秘小羊穿越时空裂缝来到了邪恶博士的老巢。在这里，到处都是奇奇怪怪的机械装置。他们小心翼翼地躲避着各种机关，最终找到了邪恶博士。然而，邪恶博士启动了半成品的空间扭曲武器，四周空间开始错乱变形。灰太狼急中生智，将自己之前带来的反向磁场发生器扔向武器核心，喜羊羊趁机用智慧破解了武器的控制系统。邪恶博士气急败坏却无计可施。最后，他们带着胜利返回了青青草原，而那只神秘小羊也悄然消失，喜羊羊和灰太狼的英雄事迹再一次传遍了整个青青草原。
日子一天天过去，喜羊羊和灰太狼像往常一样守护着青青草原。一天，天空中突然降下一颗奇异的种子。他们好奇地种下种子后，种子迅速长成一棵巨大的藤蔓树，树上结满了散发着奇特光芒的果实。这时，一个小精灵从树干中飞了出来。小精灵告诉他们，这棵树是希望之树，果实拥有神奇力量，可以实现愿望，但如果落入坏人之手将会带来灾难。正说着，一群贪婪的狐狸闻风而来，想要抢夺果实。喜羊羊和灰太狼与狐狸们展开周旋，他们一边保护果实，一边引导狐狸们认识到贪婪的错误。狐狸们被感化后羞愧离去。随后，喜羊羊和灰太狼商量后决定，用其中一颗果实许愿让青青草原永远充满生机与和谐，其他果实则交给小精灵保管，以免被滥用。从此，青青草原在他们的守护下更加美好，动物们安居乐业，喜羊羊和灰太狼的友谊也成为草原上永恒的佳话。
多年以后，喜羊羊和灰太狼都已老去。但他们依然每天相聚在曾经战斗过的地方回忆往昔。一天，一阵强烈的魔法波动席卷了青青草原。原来是一个远古恶魔苏醒了，它企图吞噬青青草原的生机。喜羊羊和灰太狼虽已年迈体弱，但他们毫不犹豫地站了出来。
他们召集草原上的动物们共同抵抗。小动物们在喜羊羊的指挥下有序防御，灰太狼则拿出自己最后的几个发明对抗恶魔。然而恶魔太过强大，眼看就要冲破防线。此时，当年那只神秘小羊突然再度出现，他带来了更多来自未来的伙伴帮忙。