喜羊羊中毒了灰太狼得知喜羊羊中毒后，内心十分纠结。一方面，喜羊羊一直以来都是他抓不到的对手；另一方面，这么多年的追逐，其实他早已将喜羊羊视为特殊的存在。最终，灰太狼还是决定救喜羊羊。他跑回家翻箱倒柜找出了解药的配方，发现解药需要狼族圣山的雪莲。于是灰太狼踏上了危险重重的旅程。经过一番苦战，他终于摘得雪莲。当灰太狼带着雪莲赶到羊村时，众羊充满警惕。但看到灰太狼真诚的眼神，小羊们选择相信他一次。灰太狼将雪莲制成解药喂给了喜羊羊。喜羊羊慢慢睁开眼睛，惊讶于灰太狼竟然会救自己。灰太狼傲娇地说：“哼，本大王只是不想以后没了对手。”从此，喜羊羊和灰太狼之间多了一种奇妙的默契，虽然偶尔还是会斗智斗勇，但更多了一份惺惺相惜。
日子就这样一天天过去，平静而又充满趣味。然而有一天，一股神秘的黑暗力量笼罩了青青草原。这股力量让动物们变得狂躁不安，互相攻击。喜羊羊和灰太狼意识到事情不妙，他们知道必须要合作才能对抗这股力量。
灰太狼利用他的发明天赋制作出一些抵抗黑暗力量影响的装备分给小羊们。喜羊羊则凭借他的智慧制定作战计划。他们带领着其他动物朝着黑暗力量的源头进发。
一路上，他们遭遇了许多由黑暗力量操控的怪物，但二人配合无间，一次次化解危机。到达源头后，他们发现原来是一只被封印许久的恶魔苏醒了。喜羊羊和灰太狼相视一笑，同时冲向恶魔。经过一场惊心动魄的大战，他们终于再次战胜困难，将恶魔重新封印。经此一役，他们的关系更加紧密，整个青青草原也恢复了往日的生机与和谐。
随着青青草原重归和平，喜羊羊和灰太狼的故事成为了大家口中传奇般的存在。可是好景不长，一位来自外太空的强大侵略者听闻了他们的事迹，心生嫉妒，想要征服这片充满勇气和友谊的土地。
这天，天空突然阴暗下来，一艘巨大无比的飞船降临在青青草原上空。那侵略者放出机械怪兽四处破坏。喜羊羊和灰太狼迅速组织起防御。灰太狼制造出超级武器，喜羊羊制定巧妙战术。