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此外，大陆移民问题也是一个关键所在，这需要朝廷的支持。张好古计划通过一些策略，比如去辽地进行偷袭，来寻找那些被清人掳走的汉民以及一些难民，将他们带回台湾，为台湾的发展注入新的活力。
对于宋应升，张好古同样放心。宋应升本身就具备相当的能力，在护国军的素养培养方面，他一直做得非常出色。每当张好古提出一些问题时，宋应升总能迅速理解并灵活应对，举一反三地将问题处理得妥妥当当。
新任台湾知府宋应升走马上任。他跟随张好古多年，耳濡目染，对政务、军务均有心得。张好古不仅时常指点，更会在关键时给予支持，甚至暂时留在台湾，帮助宋应升平稳过渡。宋应升虽初掌一方，但有张好古的帮衬，必能胜任。
战事结束后，郑芝龙的福建水师本应撤回福建，但朝廷却未收回张好古的五省水师督抚任命。这意味着，郑芝龙的水师仍属张好古麾下。这一安排耐人寻味——台湾既已收复，朝廷为何未调整张好古的职权？或许是看重他统筹全局的能力，亦或另有深意。
无论如何，宋应升的治台之路有了张好古的引导，而郑芝龙的水师仍受张好古节制，可见朝廷对张好古的倚重。台湾虽已平定，但治理与防务仍需谨慎，张好古的留任，或许正是为后续布局。
台湾收复后，郑芝龙的地位略有提升，从副总兵升到了总兵，这半级的升迁虽不算巨大，却也是对他以往努力的认可。然而，郑芝龙并未因此变得贪婪，他对张好古并无过多苛刻要求。
张好古深知郑芝龙在贸易领域的野心与能力，于是与他达成了一系列协议。在对日贸易方面，张好古允诺郑芝龙可以参与，但必须按照规定缴纳税收。这一条件看似束缚，实则对双方都有利。税收的缴纳能保障朝廷的利益，而郑芝龙也能在合法的框架内大展拳脚。
在货物供应上，松江府承诺会提供郑芝龙所需的物资。这一保障让郑芝龙在贸易运作中没有了后顾之忧，能够更加专注于贸易事务的拓展。南洋的贸易也对郑芝龙敞开大门，同样需要缴纳税收。南洋地区物产丰富，贸易潜力巨大，郑芝龙自然不会放过这个难得的机会。
更让郑芝龙惊喜的是，张好古还带着他参与远洋贸易。远洋贸易风险与机遇并存，以往郑芝龙或许只能偷偷摸摸地进行，如今却能在官方支持下光明正大地开展。这对于郑芝龙来说，无疑是事业上的重大突破。
在剿灭海盗方面，郑芝龙也向张好古表明了自己的态度。他承诺，一旦水师剿匪需要，福建水师定会全力参战。这不仅体现了郑芝龙的爱国之心，也展现了他愿意为维护海上安宁贡献力量的决心。
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