除了高频电磁波发射器，林肯号还配备了先进的声纳系统。这种声纳系统能够探测水下目标，尤其是敌方的潜艇。通过声纳系统，林肯号可以实时监控周围海域的水下动态，提前发现并追踪敌方潜艇的动向。声纳系统与高频电磁波发射器的结合，使林肯号具备了全方位的探测能力，无论是海上还是水下，都难逃其监控范围。
林肯号的武器系统有最新研发的无线电制导鱼雷，能够在水中悄无声息地接近目标，并通过无线电信号进行精确制导。这种鱼雷不仅具备高精度和强杀伤力，还能够根据目标的移动轨迹实时调整航向，确保一击必中。无线电制导鱼雷的出现，使林肯号在水下作战中具备了显着优势，能够对敌方潜艇和水面舰艇构成重大威胁。
此外，林肯号还装备了最新型的火箭弹系统。这些火箭弹可以通过无线电信号进行制导，具备极高的命中精度和强大的杀伤力。火箭弹不仅可以用于攻击敌方舰艇，还能够对岸上目标进行精确打击。林肯号的舰载机也配备了火箭弹发射装置，能够在空中对敌方目标发动饱和式打击。这种多层次的火箭弹攻击能力，使林肯号在现代海战中具备了极强的火力投射能力。
林肯号的舰载机编队同样令人瞩目。它搭载了最新型的舰载战斗机，这些战斗机不仅具备出色的机动性和近距离缠斗能力，还能够发射火箭弹和无线电制导炸弹。舰载机的火箭弹发射装置使其能够在空中对敌方目标发动饱和式打击，而无线电制导炸弹则能够精确命中敌方关键目标。林肯号的舰载机编队与高频电磁波发射器、声纳系统和火箭弹系统的结合，使其在空中、海上和水下都具备了强大的作战能力。
其防护能力同样不容小觑。舰体采用高强度装甲钢，关键部位装备了复合装甲，能够抵御反舰导弹和鱼雷的直接命中。在一次实弹测试中，林肯号成功抵御了多枚重型鱼雷的攻击，舰体结构完好无损。这种防护水平在现代海军中堪称独树一帜，使其在战场上具备极高的生存能力。