经过连续72小时的紧张研发，新型“灵暗中和器”终于问世。当它被投入使用后，奇迹般地与灵能风暴形成了稳定的共振状态，逐渐平息了肆虐的能量波动。与此同时，另一组队员利用“灵能生态共振系统”的改良版本，对受破坏的星球进行生态修复。他们通过调整灵能发射塔的频率，唤醒了星球内部沉睡的生态自愈机制，枯萎的植被开始重新生长，干涸的海洋也逐渐恢复了生机。
在救援行动接近尾声时，宇宙联邦救援队与幸存的文明成员进行了深入交流。这个文明的领导者们对宇宙联邦的帮助感激涕零，并表示愿意加入宇宙联邦，共同探索灵能的奥秘，避免类似的悲剧再次发生。这次救援行动不仅拯救了一个濒临灭绝的文明，还让宇宙联邦获得了大量关于灵能失控现象的宝贵数据，为后续的研究提供了重要参考。
然而，一波未平一波又起。在宇宙联邦的核心星域，多个星球突然出现了诡异的生态退化现象。原本生机勃勃的森林在短短几天内枯萎成灰，清澈的湖泊变成了散发着恶臭的死水，就连空气中的灵能浓度也出现了异常波动。初步调查显示，这些现象与一种新型的微生物有关。这种微生物能够以灵能为食，且繁殖速度极快，一旦在某个生态系统中出现，就会迅速破坏原有的生态平衡。
为了应对这场生态危机，宇宙联邦紧急召集了生物学家、灵能专家和生态学家组成联合研究小组。经过反复实验，他们发现这种微生物对特定频率的灵能波敏感，当受到这种灵能波照射时，会进入休眠状态。基于这一发现，科学家们研发出了“灵能频率抑制器”，并在受影响的星球上大规模部署。同时，他们还培育出了一种能够与该微生物竞争灵能资源的良性微生物，通过生态干预的方式，逐步恢复星球的生态平衡。