不久后，河套回部首领唐兀·明安完成互市交易，要求增加赏赐，魏学曾命令总兵杜桐、神木参将张刚、孤山游击李绍祖出其不意将其斩杀，斩首四百五十余级，生擒二十余人，夺马匹器械无数。魏学曾因功加为太子少保，而唐兀·明安之子摆言太声言为父复仇，号召各部落，使西北地区兵端大开。
致仕宁夏副总兵哱拜反叛，杀死巡抚党馨及副使石继芳，逼迫总兵官张维忠自杀，其子哱承恩攻陷玉泉营、中卫、广武，黄河以西地区望风而降，只有平虏在参将萧如薰坚守下坚决不降。随后，叛军进一步夺取了黄河以西的四十七座城堡，并且渡过了黄河，又引诱河套地区的蒙古首领着力兔歹成台吉、宰僧等部进犯平虏、花马池，陕西全境震动。
魏学曾下令副总兵李昫率游击吴显赶赴灵州，另遣游击赵武赴鸣沙州，沿黄河一带阻止叛军南渡，自己进驻花马池，正当叛军的冲要。李昫等渡过黄河，收复了被占领的四十七座城堡，只有宁夏镇城还被叛军盘踞。着力兔等部与叛军遥相呼应，哱拜、土文秀进攻赵武于玉泉。哱云引导着力兔攻平虏，被萧如薰设下埋伏射死。李昫回救赵武，成功解围，李昫领兵与前任总兵牛秉忠抵达宁夏镇城下。
当时，神宗已提拔董一奎为总兵，李贲为副职。不久，又命萧如薰接替董一奎、麻贵接替李贲，二人还未到任，李昫等已经攻城。叛军从东西二门各派骁勇善战的骑兵三千迎战，步兵排列火车为阵营，明军发动进攻，夺得战车百辆，乘胜追击，将叛军逼入湖内，叛军淹死的不可胜计。次日，许朝、土文秀等叛将胁迫庆王登上东城，乞求暂时罢兵，诡称愿意献出叛乱首领的脑袋，正好明军粮草耗尽，于是退至附近的城堡休整。