大臣们日夜方便后宫干政，结果主要防了养母李选侍，却没防乳母，最终让奶妈子给登上了历史舞台。由于朱由校岁数太小，无所依靠，养母又被大臣们搬走，最后没办法，他依恋乳母客氏。同时侍奉他的太监魏忠贤也成为他的依靠。最终客氏和魏忠贤串通狼狈为奸。
刚开始朱由校信任东林党人，一度让东林党的势力非常的庞大，在东林党人主持下，政治也相对之前之后其实都换是显得稍微清廉点，这也是后世对东林党人好印象的一个原因，同时东林党人也意识到客氏的力量，担心他会干政，于是建议按照惯例皇帝到一定年龄后，应该被赶出皇宫。但是这时候客氏和魏忠贤互相勾结，已经不是那么好对付了。
这是内部形势，同时外部形势也不容乐观，1621年努尔哈赤攻陷沈阳，明朝总兵尤世功战死。还其它很多将领战死，随后派去援助的官兵和后晋在浑河再次展开大战，但是结局却是明军全军覆没。
同时他也为前朝进行一些拨乱反正，比如为方孝孺平反，录用他的后人，同时为张居正平反等等。
但是他和很多文学爱好者一样，让他做皇帝实在是错位。他不