帕尔帕廷议长被议会赋予紧急状态下的军事指挥权、行政任免权等，银河共和国也进入紧急状态。
随之，战争正式开始打响。
绝地武士担任将领，率领克隆人大军，与杜库伯爵领导的独立星际邦联作战。
战火迅速蔓延开来，银河系许多地方都陷入了战火之中。
虽然银河共和国拥有四千亿颗星球，三百万拥有智慧种族的星系，而独立星际邦联只有两三万个星系，看似实力上差了一大截儿。
但独立星际邦联已经秘密筹划了一千年，尤其是帕尔帕廷的师父达斯·普雷格斯，更是在背后出力良多。
从百年前开始就已经秘密储备物资，储备军队，拉拢腐蚀各星球的议员等等。早将银河共和国渗透成蜂窝。
银河共和国到处都是分离运动的支持者，明里暗里的为叛军提供帮助，对共和国的命令却是阳奉阴违。
再加上拥有军事指挥权的帕尔帕廷议长，自己就是幕后黑手。他不断将共和国军队的动向偷偷泄露给杜库伯爵。
因此在战争刚开始时，银河共和国节节失利，遭受重创，损失巨大。
最惨的一次，共和国舰队遭受独立星际邦联的伏击，半个共和国的军力都损失了。
此举引起了人们的极大不安，没想到独立星际邦联的军事实力居然如此强大，着实出乎他们的意料。
也因此为了打赢这场战争，他们不得不赋予帕尔帕廷更多的权力、资源，好让他可以居中调度，打赢这场战争。
所以战争打得越惨烈，银河共和国输得越惨，帕尔帕廷手中的权力就越大，甚至足以调度整个银河共和国的财富、军队。
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